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Nell'industria farmaceutica, l'acido propionico funge da elemento costitutivo chirale per la costruzione degli scheletri molecolari dei farmaci. Subisce reazioni di condensazione con i tioamminoacidi per preparare i precursori della pirazinamide, aumentando la biodisponibilità dei farmaci antitubercolari all'82%. Nella semisintesi degli antibiotici cefalosporinici, agisce come agente acilante per introdurre con successo gli anelli β-lattamici, aumentando la resa del cefoperazone sodico dal 63% al 78%. Nella via di sintesi del nuovo anticoagulante rivaroxaban, la fase di condensazione del chetolo che coinvolge l'acido propionilacetico riduce del 27% il costo di produzione degli intermedi chiave.